Katedry:
- Katedra Archeologii Ameryk
- Katedra Archeologii Barbaricum i Prowincji Rzymskich
- Katedra Archeologii Egejskiej i Włókiennictwa
- Katedra Archeologii Egiptu i Nubii
- Katedra Archeologii Epoki Kamienia
- Katedra Archeologii Klasycznej
- Katedra Archeologii Orientu
- Katedra Archeologii Średniowiecza i Czasów Nowożytnych
- Katedra Bioarcheologii
- Katedra Epigrafiki i Papirologii
- Katedra Numizmatyki i Muzealnictwa
- Zespół badawczy „EuroWeb. Europe through Textiles”
Pracownie:
- Laboratorium Archeologicznych Analiz Specjalistycznych
- Pracownia Archeologii Europy Wschodniej
- Pracownia Archeologii Obrazu i Symboliki Światła
- Pracownia Archeologii Podwodnej
- Pracownia Archeologii Wybrzeży Pacyfiku i Dalekiego Wschodu
- Pracownia Badań Nieinwazyjnych
- Pracownia Konserwacji
- Pracownia Modelowania i Dokumentacji Cyfrowej