Jerzy Gąssowski urodził się w Siedlcach. Tam rozpoczął naukę. W okresie II wojny światowej uczęszczał na tajne kursy wieczorowe pracując jednocześnie na kolei. W 1947 roku podjął studia w zakresie archeologii i historii sztuki w Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu. Kontynuował je na Uniwersytecie Warszawskim, uzyskując w 1951 roku magisterium pod kierunkiem prof. Włodzimierza Antoniewicza. W 1958 roku otrzymał stopień doktora w Instytucie Historii Kultury Materialnej PAN. W latach 1962–1963 odbył studia post-doktoranckie we Francji. W 1969 roku obronił na Wydziale Historycznym UW rozprawę habilitacyjną. W 1973 roku został mianowany docentem. W 1979 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1987 roku profesora zwyczajnego.
Pracę zawodową rozpoczął jako student. W początkowym okresie kariery był asystentem w Muzeum Narodowym w Warszawie, pracował też w Państwowym Muzeum Archeologicznym w Warszawie. W latach 1952–1953 był aspirantem na UW, do 1956 roku adiunktem na UAM w Poznaniu, a do 1958 roku adiunktem również w IHKM PAN w Warszawie. W 1958 roku rozpoczął pracę w Uniwersytecie Warszawskim, początkowo jako adiunkt w Katedrze Archeologii Słowiańskiej, od 1960 do 1997 roku w Katedrze Archeologii Pradziejowej i Wczesnośredniowiecznej. Od 1977 do 1996 roku kierował Zakładem Archeologii Wczesnego Średniowiecza IA UW. W latach 1987–1989 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Archeologii UW, a w okresie 1992–1993 wicedyrektora. Od 1997 roku był emerytowanym profesorem UW.
Kolejne lata pracy zawodowej prof. Gąssowski związał z Akademią Humanistyczną im. Aleksandra Gieysztora w Pułtusku, której był współzałożycielem.
W latach 1978–1980 i w 1988 roku był zastępcą dyrektora Polish Studies Center Indiana University w Bloomington (USA), gdzie wykładał m.in. archeologię Polski i Europy. W latach 1984–1987 pełnił funkcję dyrektora Ośrodka Studiów Amerykańskich UW.
W roku 2011 wykładał gościnnie w Szkole Archeologii i Muzeologii Uniwersytetu Pekińskiego. Był zapraszany do wielu innych uniwersytetów zagranicznych.
Od 2001 do 2013 roku sprawował funkcję przewodniczącego Komisji Ratowniczych Badań Archeologicznych Międzynarodowej Unii Nauk Prehistorycznych i Protohistorycznych w Brukseli, przy UNESCO.
Profesor Jerzy Gąssowski miał wszechstronne zainteresowania naukowe. Jednak głównym nurtem jego prac badawczych była archeologia wczesnego średniowiecza, w tym archeologia Polski.
Od 1947 roku uczestniczył w licznych pracach wykopaliskowych w kraju i zagranicą, wieloma z nich osobiście kierował. Wynikiem tych badań były liczne odkrycia archeologiczne, m.in. gliniane „tabliczki” z nomina sacra w języku greckim – znalezione podczas wykopalisk w Podebłociu. Świadczą one o penetracji wierzeń chrześcijańskich na ziemiach polskich przed oficjalnym przyjęciem chrztu. Sukcesem, o randze światowej, było odkrycie grobu Mikołaja Kopernika podczas badań wykopaliskowych w katedrze we Fromborku.
Profesor Jerzy Gąssowski był cenionym nauczycielem akademickim, promotorem licznych prac dyplomowych. Opiniował wiele rozpraw doktorskich, habilitacyjnych i procedur profesorskich, również w USA.
Opublikował 27 książek o tematyce archeologicznej i około stu artykułów naukowych z dziedziny humanistyki. Był wybitnym popularyzatorem archeologii. Dzięki Jego umiejętności przekazywania wiedzy w sposób zrozumiały i ciekawy archeologia zyskała wielu zawodowych badaczy i ogromną rzeszę miłośników.
Został odznaczony m.in. Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Złotym i Srebrnym Krzyżem Zasługi. W 2017 roku za odkrycie szczątków Mikołaja Kopernika otrzymał prestiżową nagrodę im. Benedykta Polaka.
Profesor Jerzy Gąssowski zmarł w Pułtusku. Został pochowany na Cmentarzu Komunalnym Północnym na Wólce Węglowej w Warszawie.
Ewa Marczak Łukaszewicz
Życiorys i bibliografia Jerzego Gąssowskiego:
Studia z dziejów cywilizacji: studia ofiarowane profesorowi Jerzemu Gąssowskiemu w pięćdziesiątą rocznicę pracy naukowej, A. Buko (red.), Warszawa 1998.
Przez granice czasu. Księga jubileuszowa poświęcona Profesorowi Jerzemu Gąssowskiemu, A. Buko, Wł. Duczko (red.), Pułtusk 2008.
Biogram i wspomnienia.
Prof. dr hab. Jerzy Gąssowski – wywiad na 100 lecie archeologii na Uniwersytecie Warszawskim